Halo: Combat Evolved Anniversary

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ゲームは『Halo: Reach』の直後から始まる。ピラー・オブ・オータムがスリップスペースを抜け、謎の環状宇宙ステーションの近くに出現する。そのステーションは敵対勢力であるコヴナントによって「Halo」と呼ばれている。コヴナント艦隊が攻撃を仕掛け、ピラー・オブ・オータムに甚大な損傷を与える。キース艦長は「コール・プロトコル」を発動し、地球の位置をコヴナントに知られないよう、すべての航法データを破壊する。マスターチーフとコルタナは脱出ポッドへと戦いながら進み、マリーンズの一団と共に船から脱出する。彼らが飛び去る際、キース艦長がピラー・オブ・オータムをHaloに不時着させようとしているのが見える。マスターチーフとコルタナはポッドの墜落で唯一の生存者となるが、すぐに他の生存者と連絡を取り、彼らを戦力としてまとめ上げる。生存者たちは、キース艦長がピラー・オブ・オータムの墜落を生き延びたものの、コヴナントに捕らわれ、コヴナント船「トゥルース・アンド・リコンシリエーション」に収容されていると伝える。マスターチーフはマリーンズの部隊と共にその船に乗り込み、キース艦長を救出する。艦長はマスターチーフに、コヴナントより先にHaloの管制センターに到達し、Haloの目的を解明するよう命じる。マスターチーフとコルタナは「サイレント・カートグラファー」と呼ばれる地図室へ向かい、そこから管制室へと導かれる。管制室でコルタナはシステムに侵入し、緊急の何かを発見して、マスターチーフをキース艦長のもとへ送り出し、自らは残る。キース艦長は強力な武器の隠し場所と信じていたものを探していたが、マスターチーフが到着した時には戦闘の痕跡と、誤って「フラッド」という寄生性のエイリアン種族を解放してしまったことを示す記録しか見つからなかった。フラッドは他の知的生命体に寄生して拡散する能力を持つ。フラッドの解放により、HaloのAI監視者である343ギルティ・スパークはマスターチーフを勧誘し、「インデックス」と呼ばれる装置を回収させる。これはHaloを作動させ、フラッドが施設外に広がるのを防ぐためのものだ。マスターチーフがインデックスを回収し、使用しようとしたところでコルタナが再び現れ、作動を警告する。彼女はHaloの防衛システムが、銀河中の全知的生命を殺戮するための兵器であり、それによってフラッドが拡散に必要な宿主を奪うことを発見したのだ。ギルティ・スパークもこれを認める。この事実に直面し、マスターチーフとコルタナはHaloの作動を防ぐため、Haloそのものを破壊することを決意する。フラッド、コヴナント、そしてギルティ・スパークのセンチネルと戦いながら、コルタナは最善の方法が墜落したピラー・オブ・オータムを自爆させることだと気づく。しかし、オータムを破壊するにはキース艦長の認証が必要であり、チーフとコルタナは彼を探すため、今やフラッドに侵されたトゥルース・アンド・リコンシリエーションへ戻らざるを得なくなる。彼らがキース艦長のもとにたどり着いた時には、彼はフラッドに感染し、もはや救いようのない状態だった。マスターチーフはキース艦長の脳から直接神経インプラントを回収し、オータムへ撤退する。そこでコルタナは自爆シーケンスを作動させるが、343ギルティ・スパークが再び現れ、カウントダウンを停止させ、その過程で人類の歴史記録を発見する。マスターチーフは手動でピラー・オブ・オータムの核融合炉を不安定化させ、戦闘機でリングの破壊から辛うじて脱出する。コルタナは周辺宇宙をスキャンし、どうやら彼らだけが唯一の生存者であることを確認する。コルタナはHalo上の他の人類の犠牲を正当化し、Halo、コヴナント、フラッドがもたらす脅威ゆえに選択の余地はなかったと語る。コルタナはこれで終わったと考えるが、マスターチーフはまだ始まったばかりだと告げる。